A escola-sede do Agrupamento Prof. Reynaldo dos Santos possui uma longa história, responsável por muito do que a que a caracteriza hoje. Tem as suas origens no antigo Colégio Dr. Sousa Martins, nascido em 1958/59. Em Novembro de 1971, passou a Secção do Liceu Padre António Vieira. Em 1976 chega a autonomia e marca o ano da sua fundação enquanto escola pública autónoma. Nesse ano a proposta de dar à Escola o nome de Professor Reynaldo dos Santos não foi aceite e fica registada como Escola Secundária nº 2 de Vila Franca de Xira.

Entretanto, é anexado ao edifício da sede (a atual EB1 Dr. Sousa Martins), um pavilhão pré-fabricado no espaço físico atual e que correspondia ao antigo bloco 4. Nesse anexo, localizado num planalto superior na área atual escola-sede, ficariam alojadas as turmas do então chamado Ensino Unificado (7.º ao 9.º ano).

Em 1980, após alguns anos de construção atribulada, deu-se a inauguração da Escola Secundária nº 2 de Vila Franca de Xira, constituída por 4 pavilhões modulares de betão. O edifício antigo passa a ser uma escola autónoma do 3.º Ciclo - A Escola Dr. Sousa Martins. Algum tempo depois é construído um ginásio e campo de jogos, substituindo os balneários instalados em pavilhões de madeira. Em 1986/87, finalmente, a escola passava a chamar-se Escola Professor Reynaldo dos Santos, depois dum processo participado por toda a comunidade escolar e que termina com a aprovação unânime.

No 2.º período do ano letivo 1987-88, o muro de suporte aos terrenos da zona oeste da escola colapsou, provocando avultados danos materiais, problemas de estabilização de um dos blocos e grande perturbação das atividades letivas.

Só a disponibilização temporária das instalações desativadas de um colégio particular, no centro da cidade, permitiu, provisoriamente, garantir as aulas do 12.º ano. No 3.º período, os pavilhões desativados do anterior Ciclo Preparatório, atual espaço do Quartel dos Bombeiros, após reabilitação, passaram a ser utilizados. A Escola esteve nestas instalações provisórias até ao final de 1988-89.

Em 1989-90 regressa ao Bom Retiro depois de efetuadas obras de estabilização, pavimentação e pintura inerior das salas. De 1995-96 até 2004-05 a escola funcionaria apenas com ensino secundário (10.º ao 12.º) e ensino noturno (Curso Complementar dos Liceus). Chega a ter 1500 alunos no período diurno e 1000 no noturno, com 15 turmas do 12.º ano. No ano 2005-06 termina o ensino noturno e regressa o 3.º Ciclo do Ensino Básico. Em 2007-08 dá-se a fusão com a Escola Dr. Sousa Martins a escola passa a ter também turmas do 5.º e 6. ano e altera a denominação para Escola Secundária com 2.º e 3.º Ciclos Prof. Reynaldo dos Santos.

Entre 2009 e 2011, integrada na segunda fase do projeto do Ministério da Educação para restruturação das escolas, a escola sofreu uma profunda intervenção por ação da Parque Escolar.

As aulas nunca foram interrompidas durante este período e a obra de modernização ficou concluída em final de 2010.

Também em termos de recursos físicos ligados às novas tecnologias e a todo o equipamento se verificou uma verdadeira revolução: laboratórios, novas tecnologias, biblioteca escolar e centro de recursos, auditório, cozinha…

A inauguração deu-se a 29 de Janeiro de 2011.

O edifício da Escola Dr. Sousa Martins, agora escola do 1.º Ciclo e Jardim de Infância integrado no Agrupamento de Escolas Prof. Reynaldo dos Santos, sofreu uma requalificação profunda promovida pela autarquia, cujas obras ficaram concluídas no ano letivo 2009-10. Esta escola possui atualmente ótimas instalações, tanto a nível de funcionalidade como de conforto.